当法人は「一般財団法人 東京顕顕微鏡院 臨床検査所」（衛医医登第153号）として東京都の衛生検査所登録を受け、食品取扱従事者の保菌者検索を行っています。

検便（腸内細菌検査）は、腸管系病原菌・ウイルスを腸管内に保菌していながら食品取扱業務に従事していないかをチェックする検査です。
有症者だけでなく「健康保菌者」を早期に発見し、食中毒の発生を未然に防ぐ、リスクマネジメント上重要な検査で、従業員の健康管理や衛生管理の意識向上にも有効です。

なお当法人では検査精度を保つため、使用培地や試薬等の内部精度管理を日々行っており、また外部精度管理として、東京都、日本衛生検査所協会および日本臨床衛生検査技師会が行う精度管理に参加しています。

1. 赤痢菌
2. チフス菌・パラチフスA菌及びその他のサルモネラ属菌
3. 腸管出血性大腸菌（O157、O26、O111、O128等）
4. コレラ菌・腸炎ビブリオを含むビブリオ属
5. カンピロバクター属菌
6. ノロウイルス、ロタウイルス
7. その他